Mol Cell ：RAPIDASH新技术!无标记富集核糖体相关蛋白

RAPIDASH方法用一种带有巯基的硫键树脂，通过与核糖体RNA的特异性结合，富集核糖体及其相关的蛋白质。RAPIDASH显著富集了核糖体蛋白，较以往的超速离心方法，RAPIDASH显现出更高的特异性和有效性，能够识别大多数核糖体蛋白及相关的翻译因子。

图1：RAPIDASH流程示意图：细胞质裂解物经过蔗糖垫超速离心和巯基树脂层析，富集含有RNA的高分子量复合物（Credit:Molecular Cell）

研究团队使用这种方法处理了多种生物样本，包括小鼠胚胎组织、和受刺激的巨噬细胞，并通过质谱分析（MS）鉴定富集的蛋白质，研究RAPs的动态变化。

他们将RAPIDASH技术应用于小鼠E12.5阶段的胚胎组织，包括前脑、肢体和肝脏，富集并分析这些组织中的RAPs，发现前脑中特异性富集的RAPs（如Dhx30和LLPH）可能与神经发育相关，例如，LLPH在长mRNA转录本的翻译中起关键作用，这对神经系统的发育至关重要。

为了探索核糖体组成如何在肿瘤进展中发生变化，他们将RAPIDASH技术应用于细胞系PC3，分析在抑制mTOR信号通路前后，核糖体及其相关蛋白的变化。通过质谱分析鉴定核糖体相关蛋白的变化，发现在抑制mTOR信号后，eIF4G1等翻译起始因子与核糖体的结合减少，这表明mTOR信号通路调控了特定RAPs的翻译功能。

他们还探究了巨噬细胞在免疫激活后的RAP重构，通过RAPIDASH技术富集巨噬细胞在TLR3和TLR4免疫激活后不同时间点的核糖体，分析其组成的动态变化，发现免疫激活后，许多参与抗病毒反应的RAPs如IFIT家族蛋白显著富集。这一结果表明，核糖体不仅是蛋白合成的机器，还参与了免疫反应的调控。

综上所述，这个研究验证了RAPIDASH技术在小鼠胚胎中的应用，并将这个技术应用于组织特异性功能中。同时癌细胞和免疫细胞中的实验展示了RAPIDASH技术能揭示癌症和免疫反应中核糖体的动态变化。

模式图（Credit:Molecular Cell）