NAR:浙江大学侯廷军团队关于蛋白质降解靶向嵌合体PROTAC数据库的报告

来源：生物世界2022-11-04 15336048

因此，在2.0版本中，作者利用自主研发的PROTAC-Model建模方法，为活性较好的PROTAC分子构建了相应的三元复合计算模型，辅助研究人员基于结构对PROTAC进行合理设计。

蛋白质降解靶向嵌合体(PROTAC)是一种新的药物治疗方法，可以介导靶蛋白与E3泛素连接酶的相互作用，通过泛素-蛋白酶体系统实现靶蛋白的特异性降解。

由于其作用机制不同于传统的小分子抑制剂，PROTAC有望针对以前被认为不能制成药物的蛋白质，并克服现有的耐药性。因此，近年来引起了工业界和学术界的广泛关注。然而，由于PROTAC的分子特性，仍然很难设计出具有高选择性、高活性和口服给药的PROTAC分子。因此，迫切需要建立一个全面的PROTAC信息系统来帮助科研人员合理设计PROTAC。

最近，浙江大学药学院侯廷军教授的研究小组在《核酸研究杂志》上发表了一篇题为：PROTAC-DB 2.0: PROTAC的更新数据库的论文，对原来的PROTAC-DB进行了重大更新。

PROTAC-DB成立于2020年，是PROTAC的第一个在线数据平台，包含化学结构、生物活性、理化性质等多种数据。现已成为PROTAC领域的重要数据资源。该平台在发布之初，由PROTAC technology创始人Craig Crews教授推荐，多次被《自然评论药物发现》、《化学学会评论》等国际权威期刊正面引用和介绍。现在，该平台的访问量已超过75000次，是ESI的高引用论文。

PROTAC 2.0进行了三大更新。首先，PROTAC 2.0大大增加了PROTAC分子的数量和相应的数据(从第一代的1662个PROTAC分子增加到3270个)。其次，考虑到实验中只解析了少量的PROTAC介导的三元复合物的晶体结构，其结构信息可以为PROTAC的合理设计提供很大的帮助。

因此，在2.0版本中，作者利用自主研发的PROTAC-Model建模方法，为活性较好的PROTAC分子构建了相应的三元复合计算模型，辅助研究人员基于结构对PROTAC进行合理设计。最后，PROTAC 2.0进一步优化了交互界面，带来了更加友好的用户体验。所有数据都可以通过http://cadd.zju.edu.cn/protacdb/.访问

浙江大学药学院是本论文的第一署名人，博士生翁为第一作者，浙江大学药学院侯廷军教授、李丹副教授为通讯合著者。

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