科研人员揭橥高质量染色体级醋栗番茄基因组序列

醋栗番茄是栽培番茄的野生祖先种，以其优良的抗性、浓烈的风味、可与栽培番茄直接杂交、疾速转育优秀性状等特色，普遍用作古代番茄育种的主要种质资本。其基因组和多样性的研讨，对充沛发掘该野生种质资本的育种潜力和价值，增进番茄家当成长意义严重。是以，醋栗番茄的基因组研讨遭到研讨者存眷，此前已有个体基因组草图宣布，然则，这些草图并不完好，高度碎片化，限制了它们在育种和迷信研讨中的使用。

该研讨采取PacBio + Hi-C战略，组装了一个高质量染色体级的醋栗番茄LA2093基因组序列。LA2093是一个主要的醋栗番茄品系，拥有优秀的抗病性、抗逆性和高番茄红素含量等优良性状，被用作父本资料，介入构建了一个重组自交系群体，普遍用于抗性和果实品德相干的基因定位。经过LA2093与古代栽培种类Heinz 1706的参考基因组的比拟剖析，判定了92000多个基因组构造变异（SVs），个中包含11个长度超越一百万碱基对的超年夜型SVs。研讨人员应用约600个包含野生和栽培番茄品系在内的基因组数据，比拟剖析番茄驯化、改进和古代育种中被选择的SVs，发明年夜量受选SVs与已知的主要育种性状相干基因堆叠，包含果实分量、果实成熟、番茄红素含量及含糖量等，这些SVs对相干基因的表达程度有明显影响。表达数目性状位点（eQTL）剖析可以检测到一些热门区域，这些区域含有掌握主要性状的次要调控因子。该研讨应用基于SVs的eQTL剖析发明了影响类黄酮生物分解和表皮蜡质积聚等的热门区域和次要调控因子，对改进果实品德和延伸货架期具有潜在使用价值。

该研讨获得的高质量醋栗番茄LA2093基因组及判定获得的SVs为未来的番茄生物多样性育种和相干的迷信研讨供给了丰厚资本。相干结果于近日以Genome of Solanum pimpinellifolium provides insights into structural variants during tomato breeding为题揭橥在Nature Communications上。美国康奈尔年夜学及中国迷信院植物种质立异与特点农业重点试验室、武汉植物园为论文配合完成单元，武汉植物园园艺植物基因组与分子改进学科组研讨员高磊为论文配合第一作者。