Nat Commun：使用基因表白数据来比拟试验室癌症模子和真实肿瘤

2021年1月9日讯/100医药网BIOON/---从肿瘤细胞中成长进去并在试验室前提下培育的癌细胞系是癌症研讨的支柱。它们为癌症基因组学和生物学提供了名贵的见解，但因为一些起因，迷信家们往往难以将基于癌细胞系的试验数据与其互补肿瘤的数据进行比拟，也难以选择最佳的癌细胞系来模拟特定的肿瘤类型。

为了帮忙指导这些选择，美国布罗德研讨所癌症依赖性图谱（Cancer Dependency Map, DepMap）团队的Allison Warren、Aviad Tsherniak、James McFarland和其他成员在一项新的研讨中开辟了Celligner，这是一个盘算对象，可以帮忙依据基因表白谱数据婚配肿瘤和癌细胞系。相关研讨成果于2021年1月4日颁发在Nature Communications期刊上，论文题目为“Global computational alignment of tumor and cell line transcriptional profiles”。

图片来自Nature Communications, 2021, doi:10.1038/s41467-020-20294-x。

鉴于癌细胞系是在试验室中成长的，通常长达数十年，它们并不克不及完整反映它们应该模拟的肿瘤。例如，癌细胞系可以表白患者肿瘤中未见的基因或含有患者肿瘤中未见的渐变，从而改动它们对立癌药物的反馈。与此同时，肿瘤是由多种细胞类型构成的简单混合物，而癌细胞系普通只由一种细胞构成。

Cellinger通过比拟和比对患者肿瘤和癌细胞系的RNA测序数据（提醒了在某一光阴点细胞中哪些基因是沉闷的）来校订这些差别。通过使用Celligner未来自12000多个患者肿瘤的RNA测序数据与癌症细胞系百科全书（Cancer Cell Line Encyclopedia）、癌症基因组图谱（Cancer Genome Atlas）、TARGET和其他名目搜集的1200多个细胞系进行比拟，这些研讨职员可能：（1）丈量特定的癌细胞系在多年夜水平上模拟它们所代表的肿瘤，突出显示特殊强和特殊弱的癌细胞系/肿瘤婚配；（2）找出最必要新的、更具代表性的癌细胞系或其他模子的肿瘤类型（如甲状腺癌和脑癌）；（3）提醒了一组具备共同表白特征的癌细胞系，这些特征能够代表了转移进程中的晚期步调。

布罗德研讨所DepMap团队迷信主任Jesse Boehm说，“这个畛域的目的是领有一组能反映一切人类肿瘤的癌症模子。如今，有了Celligner，咱们可以开端掂量咱们的停顿，并集中新的尽力来补充差距，并改善咱们对分子预测的解释，从而造福真正的患者。”（100医药网 100yiyao.com）

参考材料：

1.Allison Warren et al. . Nature Communications, 2021, doi:10.1038/s41467-020-20294-x.

2.Using gene expression data to compare laboratory cancer models to real tumors

https://medicalxpress.com/news/2021-01-gene-laboratory-cancer-real-tumors.html