新型冠状病毒基因组的演变阐发及谱系划分取得停顿

北京年夜学性命迷信学院陆剑课题组与中国迷信院昆明植物所吕雪梅、张亚平课题组，中国疾病预防节制中间谭文杰课题组单干在《迷信传递》上颁发了题为“Evolutionary analysis and lineage designation of SARS-CoV-2 genomes”的论文，解析了新型冠状病毒（以下简称新冠病毒）基因组的演变纪律，提出了具备条理构造的谱系/亚谱系划分体系。

病毒的演变极其迅速，跟着感化人数暴发性添加，新冠病毒会疾速倒退出许多分歧的株系。探明病毒的谱系产生汗青，对分歧的毒株进行分型，联合风行病学及临床数据提醒新冠病毒的变异纪律，对疫情的防控尤为紧张。在研讨团队后期的任务中，已依据两个高度连锁的位点将新冠病毒划分为L和S两个次要谱系，并描写了这两个谱系在传达进程中分歧的行动形式。国内上也已颁发诸多研讨为新冠病毒进行分型。然而，跟着新冠病毒基因组序列的迅速积聚，人们又检测到并颁发了成千上万的基因组变异，呈现了许多值得进一步标志的亚型，年夜量类似的病毒序列对SARS-CoV-2基因组体系发育的靠得住揣摸提出了严重挑战，亟需研讨对这些新呈现的变异进行梳理与描写，加倍精密化地展现新冠病毒在人群中的演化轨迹。

为解决这一成绩，研讨团队阐发了121，618个高质量的病毒基因组中的单核苷酸变异（SNV），在L和S分型的根底上，依据3个主导性SNV将L谱系划分为L1和L2两个次要亚谱系，再依据位点的渐变频率和连锁性挑选出201个代表性SNV，进一步逐级划分出130个亚谱系（S中37个，L1中35个，L2中58个），绘制成了完全的反映各个谱系之间亲缘关系的单倍型网络图（图1）。作者同时树立了及时更新的配套网站不便检查亚谱系信息，此外用户还可自在上传新冠病毒基因组序列进行谱系鉴定。

为说明分歧亚谱系的病毒的风行水平是否有所分歧，作者根据上述谱系划分体系对有详细采样光阴信息的119，168个高质量病毒基因组进行划分，并挖掘了这些谱系的时空散布演化纪律。研讨发现，各个谱系在分歧地区上的传达表示非常分歧。例如，在欧洲（n=71，120），年夜多半病毒属于L谱系（70，434，99.0％），此中L2d（26，206，36.8％）和L2b（19，416，27.3％）是两个最年夜的亚谱系，而在亚洲（n=8066），S谱系占到了7.1％（576），L谱系最初以L2d（2381，29.5％）为主，但随后L2g的频率显着添加。别的年夜洲各个谱系呈现的频率也不尽雷同。（图2）这标明，在地舆前提、交通运输、文明习俗、防疫政策、超等传达者等各类因素独特作用下，病毒谱系在分歧地区之间有各自共同的散布形式，这就为病例的分子溯源提供了实际根据。(100yiyao.com）