Nature：摸索细菌医治癌症的新办法

各类细菌物种是已知的定殖于人类肿瘤内。它们增殖并调理免疫功效，这终极会影响癌症患者的生活及其对医治的反馈。然而，尚不分明源自细胞内细菌的抗原是否由肿瘤细胞的人白细胞抗原I和II类（别离为HLA-1和HLA-II）分子呈递，或此类抗原是否惹起肿瘤浸润性T细胞免疫反馈。

基于此，以色列魏茨曼迷信研讨所Yardena Samuels传授率领团队，使用16S rRNA基因测序和HLA肽组学来鉴定源自细胞内细菌的肽库，该肽库已呈现在黑素瘤肿瘤中的HLA-I和HLA-II分子上。相关研讨结果以“Identification of bacteria-derived HLA-bound peptides in melanoma”为题在线颁发在《Nature》杂志上。

该研讨团队通过肽的鉴定质量和与患者HLA等位基因婚配的才能对肽进行了过滤。该阐发显示248共同HLA-I相关肽和35种共同的HLA-II相关肽。从每位患者中鉴定出的长度为8–13个氨基酸的HLA-1肽簇显示出该肽的氨基酸简单性下降（如对HLA-1肽的预期），而且与该HLA等位基因的基序婚配患者。所鉴定的肽的长度散布与HLA-1和HLA-II肽的预期长度一致。该研讨团队通过比拟其串联质谱与合成肽的串联质谱图来验证此中48种肽段。

为了节制HLA免疫纯化进程中的非特同性净化，该研讨团队使用与共培育雷同的量对细菌积淀物进行了HLA肽组学研讨，并察看到没有或只有很少的肽，在共培育样品中未发现任何肽。HLA基因敲除和侵袭性较小的细菌对照都标明，该研讨团队鉴定出的细菌肽是HLA配体，由于在两个对如实验中它们的存在都年夜年夜削减了。

该研讨团队确定了39个细菌卵白组，从中该研讨团队得到了多个细菌肽（每个基因2-15个分歧的肽）。具备响应最高数目分歧肽的细菌卵白是来自核镰刀菌的丙酮酸-铁氧还卵白（黄酮毒素）氧化还原酶。这些肽中的十二个是HLA-I肽，三个是HLA-II肽。年夜部门该研讨团队确定了从51AL细胞系肽共培育与核梭杆菌，虽然该研讨团队还在巨噬细胞和B细胞株721.221中发现了一些过表白HLA-A的卵白。在51AL彩色素瘤细胞和721.221 B细胞中均发现了一种肽，而且两对分歧的肽具备堆叠序列。

该研讨团队将加载的B细胞与自体TIL共培育，并通过使用流式细胞仪阐发TIL反馈性以检测排泄IFNγ的TIL。与未装载这些肽的对照B细胞相比，该研讨团队检测到八种分歧细菌肽的IFNγ排泄TIL添加了两倍以上。此中包含来自患者51的七种免疫原性肽和来自患者55的一种肽。在反馈性抗原中，在患者51的两种分歧转移中鉴定出一种肽（VLTDTYLTL），在患者中鉴定出两种肽（ITELNSPVL和SLTDKISII） 51和92）在两个分歧的患者中进行了鉴定，在统一患者的细胞体外婚配培育中还鉴定了一种肽（患者51中的GVDLGTLTY），并从两种潜在的细菌物种中鉴定出一种肽雷同的转移（ALSDMSLAL来自鞘氨醇单胞菌或甜瓜鞘氨醇单胞菌，这两个物种均在转移灶55B3中察看到）。

综上所述，该研讨团队证实了彩色素瘤患者肿瘤中存在细菌衍生的HLA肽旌旗灯号，并表征了所波及细菌的品种。通过利用HLA peptidomics，该研讨团队证实，细菌HLA-I和HLA-II肽可以通过两者的抗原呈递细胞来出现。这是一个肿瘤样品拆散成CD45 -和CD45 +和细菌共培育的抗原呈递细胞和彩色素瘤细胞系。在该研讨团队鉴定出的肽中，有统一患者的分歧转移或分歧患者的转移所共有的肽。这些复发性抗原中的一些与HLA等位基因联合，而HLA等位基因在《癌症基因组图集》的彩色素瘤行列步队中十分广泛。

参考文献

1、Kalaora, Shelly et al. “Identification of bacteria-derived HLA-bound peptides in melanoma.” Nature, 10.1038/s41586-021-03368-8. 17 Mar. 2021, doi:10.1038/s41586-021-03368-8

2、Du Toit A. Tumour cells show off bacterial peptides. Nat Rev Microbiol. 2021 Mar 25. doi: 10.1038/s41579-021-00551-6. Epub ahead of print. PMID: 33767365.

3、Zheng, Jin Hai et al. “Two-step enhanced cancer immunotherapy with engineered Salmonella typhimurium secreting heterologous flagellin.” Science translational medicine vol. 9,376 (2017): eaak9537. doi:10.1126/scitranslmed.aak9537