纳米孔测序精确判定混杂谱系（MLL）白血病庞杂易位，辨认差别性甲基化纪律

急性是一种骨髓癌症，特点是骨髓中由超越20%的白血病母细胞，医治目的是到达完整缓解，有功效正常的骨髓，母细胞少于5%，而每位患者对医治都邑有分歧的呼应，并有能够存在具有临床明显性的巨大残留病变（MRD），我们须要懂得这些巨大残留病变，由于它能够会招致复发，MRD监测是急性白血病和其它癌症中的一个疾速新兴的范畴。

Tracy专注于混杂谱系白血病（MLL）因 11q23 处染色体易位构成 MLL 交融卵白而得名——是一类恶性水平高、预后差的一类临床上难以治愈的急性白血病，具有化疗后果差、易复发、预后生活期短等特色，且占领婴儿白血病的70-80%，小儿急性淋巴细胞白血病的5%，小儿急性髓细胞白血病的20%及供认白血病的5-10%。MLL的充斥挑衅，现已知有135种分歧的AML重排，触及94个分歧的同伴基因，而且它们有时会是隐性的，无法依附细胞学剖析停止辨认。

Tracy的研讨目的是开辟出一种准确的办法，来监测MLL患者的巨大残留病变。这触及到找出含有MLL易位的急性白血病组织样本库样本，随后对这些样本（n≈35-40）停止孔测序，以辨认变异和甲基化形态，并创立患者特异性引物，用于微滴数字PCR，以对残留病变停止监测。

研讨办法与结论

她的团队应用PromethION对基因组DNA停止测序。剖析包含比对（Minimap2）、构造变异辨认（Sniffles）和甲基化剖析（Nanopolish和DSS）。Tracy具体讲授了若何对今朝的12份样本停止的测序以到达33X的笼罩度。

Tracy经过设计特异性引物，靶向该区域在患者的样本和复发样本中停止构造变异辨认；经过Sniffles停止辨认，并应用Racon对象停止运算和改正。这个剖析流程叫做“断裂点组装”（BreakPointAssembly）（GitHub： adcosta17/BreakPointAssembly）。

最初，Tracy应用孔测序停止MLL的甲基化辨认，已知急性髓细胞白血病有共同的甲基化亚型，而且MLL也有本人的共同甲基化纪律。她及团队想懂得，假如有分歧的同伴基因，是不是甲基化旌旗灯号也会有分歧。初步研讨显示MLL样本的孔甲基化测序辨认到了共同的甲基化纪律，包含低甲基化和超甲基化。他们还在查询拜访其明显性。他们还展现了纳米孔甲基化数据与MLL TCGA（癌症基因组图谱）的甲基化阵列数据有很好的丛聚。(100yiyao.com）

【直播预告】孔测序在人类学和罕有病研讨中的使用

【日期】2020/11/19 15:00