应用纳米孔测序研讨人体组织样本等位基因效应对转录组构造的影响

分歧的组织和个别之间的基因表达和调控的差别很年夜，年夜部门的罕见庞杂性状相干的基因组经过假定表达和剪接机制来发扬感化，如10%的致病渐变都具有已知的剪接效应，RNA测序则可以很好的剖析等位基因特异性并解读变异。

迄今为止的年夜多半RNA测序研讨都应用短读长RNA测序技巧；因为短读长轻易呈现多重定位的情形，是以很难肯定异构体的起源，同时会给定量带来搅扰。比拟之下，长读长测序可以捕捉到全长转录本和异构体，这可以使定量进程像读长序列计数一样复杂。

研讨办法与结论

鉴于RNA测序技巧须要年夜量的高质量肇端RNA及测序通量等客不雅缘由，长读长RNA测序技巧尚未能年夜范围的使用于人体组织样本，而基于GTEx联盟的的丰厚数据和孔测序的高通量（单次孔测序运转可取得高达2000万条cDNA长读长序列），来自纽约基因组中间的Dafni Glinos博士及团队对来自43位捐赠者的70团体类组织样本（涵盖15种分歧的组织）停止孔长读长PCR-cDNA测序，生成了今朝范围最年夜的人类长读长测序cDNA数据集。

应用现有的已定相全基因组数据，研讨团队开辟出一个将读长序列定位到基因组的任务流程（该流程将在LoRALS对象包中一同宣布）。将该流程在全基因组规模使用于一切样本，提醒出跨越4217个基因的11000多个ASE（特异性表达）事情，以及跨越187个基因的350个ASTS（特异性转录本构造事情）事情。

LoRALS全称：长读长等位基因特异性剖析，树立于Tuuli Lalainen试验室的研讨之上，揭橥于：

《Nature Commnication》(DOI：https：//doi.org/10.1038/ncomms12817)

《Genome Biology》(DOI：https：//doi.org/10.1186/s13059-015-0762-6)

经过比拟ASE和ASTS事情发明，并非一切ASTS事情都邑以等位基因特异性表达的方式出现出来，这标明他们可以用这种办法发明纤细的转录本应用差别，同时发明四分之一的表达差别可以用转录本构造差别来说明；影响转录本构造的变异平日也会影响表达程度。

应用GTEx联盟定位的年夜型QTL数据集停止的剖析显示，杂合个别的ASE p值比纯合个别低得多，而经过正交验证不雅察到的ASTS事情反应出了表达和剪接的效应（该项研讨由Alexis Battle引导完成，结果预印版本曾经宣布在《bioRxiv》：DOI： 10.1101/786053）。对这些辨认到的明显等位基因特异性转录本构造基因停止检测，发明明显ASTS基因中富集的剪切异常值（outlier），以及罕有的编码杂合变异。经过对GTEx成纤维细胞系停止PTBP1基因敲减PTBP1（一种介导外显子腾跃事情的RNA联合卵白）来研讨ASTS事情，不雅察到敲减组和对比组之间基因的差别会表示出明显的ASTS事情。

最初，研讨团队应用FLAIR剖析流程辨认到了已知基因的约10万个假定新转录本和年夜约200个新基因。接上去，在由Michael Snyder试验室的Lihua Jiang牵头的一个项目中，他们筹划经过GTEx联盟中统一群个别的质谱数据来验证个中一些新的转录本。初步数据标明，数以千计的转录本在8种次要组织中有表达和应用差别，研讨结果宣布在bioRxiv(DOI：10.1101/797373)。(100yiyao.com）

【直播预告】孔测序在人类学和罕有病研讨中的使用

【日期】2020/11/19 15:00