科研职员实现染色体程度青虾全基因组图谱拼装

日前，中国水产迷信研讨院海水渔业研讨中间傅洪拓研讨员团队与华年夜陆地研讨院石琼研讨员团队单干，实现了染色体程度青虾基因组图谱拼装，该项任务是青虾和虾蟹类基因组研讨的紧张突破。

研讨团队依托江苏省水产三新工程“基于全基因组测序的青虾种质资本和功效基因挖掘（D2015-16）”等名目的赞助，对青虾进行全基因组测序和拼装。因为青虾基因组约为4.57Gb，属于养殖虾蟹类中已知基因组最年夜的，同时杂合度较高，是以基因组拼装面对诸多困难。自2015年起，、研讨团队展开了青虾全基因组二代Illumina测序、三代Pacbio测序及Hic测序，测序总量超过1500G。历时5年攻关，终极实现了染色体程度青虾全基因组图谱拼装。拼装的青虾基因组总长4.5G，Scaffold N50为86.8 Mb，BUSCO值到达92.6%；联合HIC文库，组装出49条青虾染色体；全基因组共预测到了44，086个卵白编码基因，此中39，317个基因被功效正文，挖掘性别相关基因21个；通过4dTv阐发发现，青虾在年夜约1亿年前阅历过一次全基因组复制（WGD）变乱；基因组退化阐发显示青虾与L. vannamei和P. virginalis的独特祖先在年夜约3.27亿年前拆散。

青虾是我国紧张的海水养殖虾类，全国年养殖产量超过20万吨，年产值约200亿元，青虾养殖已成为农业增效、农夫增收的紧张路径。染色体程度青虾全基因组图谱的实现，可为青虾紧张功效基因挖掘、分子育种、性别节制机制等研讨提供强无力的配景支持，具备紧张的学术代价和家当利用前景。(100yiyao.com）