猪调控元件鉴定方面取得新停顿

近日，华中农业年夜学赵书红传授与李新云传授团队绘制了今朝涵盖种类信息和组织类型最广的猪基因组启动子、加强子、开放染色质区域及三维基因组精密图谱，年夜规模鉴定了顺式调控元件及调控区渐变位点，提醒了影响猪表型变异的潜在调控机理，为利用功效SNP位点提升猪基因组育种效率奠基了根底，相关研讨结果颁发在国内期刊Nature Communications 上。

DNA元件百科全书（ENCODE）筹划旨在全面正文基因组中的功效元件，而调控元件的功效正文是解析表型变异及基因调控机制的紧张根底。虽然家猪基因组测序筹划实现开启了猪育种研讨的新纪元，但占基因组98%的非编码区域功效研讨很少，调控元件正文也尚不清晰，这重大制约了猪经济性状分子机懂得析及基因组育种技术立异。

为了攻克这一瓶颈成绩，赵云霞副研讨员、侯晔博士和博士生许月园等独特环抱ChIP-seq、ATAC-seq、RNA-seq和Hi-C等多种组学研讨技术自立搭建了猪组织表观调控研讨技术系统，以瘦肉型年夜白猪、杜洛克猪，及脂肪型恩施黑猪和梅山猪4个种类为研讨工具，得到了包括12种组织的199组表观调控数据。该研讨鉴定出超过22万个猪基因组调控元件和3316个猪基因组新转录本，并进一步解析了猪基因组的超等加强子、活性启动子等调控元件特征，说明了猪基因组调控元件的组织特同性及其三维空间构造对基因表白调控的影响，为猪功效基因组及性状调控机制研讨提供了新材料。

因为猪基因组调控元件与功效区渐变挖掘滞后，招致猪基因组的功效位点与分子标志无奈区分，基因组育种芯片设计时无奈充沛应用功效区域和功效位点信息，影响了基因组育种效率的提升。该研讨通过整合调控元件、三维基因组及全基因组联系关系阐发（GWAS）信息，解析了猪紧张性状GWAS位点在调控元件四周的散布特征，对部门紧张性状候选因果渐变进行了鉴定，同时通过整合分歧种类间基因组渐变、表观修饰、三维基因组及基因表白变异，鉴定了一批具备潜在调控功效的紧张SNP。以上结果为基因组育种技术立异及效率提升提供了丰厚的数据信息，为减速猪经济性状改进开发了新途径。(100yiyao.com）