三代纳米孔测序研究m6A的方法学取得新进展 |
![]() |
来源:中山大学 2023-05-03 13:37
目前生物界中已经有超过150多种的RNA修饰碱基被报道,其中N6-甲基腺嘌呤(m6A)在脊椎动物中含量最为丰富,也是被研究得最为透彻的一种修饰碱基。目前检测m6A主要是基于二代测序的方法目前生物界中已经有超过150多种的RNA修饰碱基被报道,其中N6-甲基腺嘌呤(m6A)在脊椎动物中含量最为丰富,也是被研究得最为透彻的一种修饰碱基。目前检测m6A主要是基于二代测序的方法,这些方法存在假阳性、操作复杂以及仅限于位点检测等问题。于是纳米孔测序技术(Oxford Nanopore Technologies,ONT)成为了一种理想的取代方法。ONT测序平台根据监测单个分子在合成聚合物膜嵌入的纳米孔中穿过时引起的电流变化直接测序DNA或RNA,修饰碱基穿孔产生的电流可能与对应的经典碱基有所不同,因此可以根据检测到的电流差异来检测包括m6A在内的修饰碱基。自那时起,已经有十余种计算工具被开发出来(图1),用于从直接RNA测序(Direct RNA Sequencing,DRS)中鉴定m6A的位置以及确定其化学计量。
图1 利用ONT DRS平台实现m6A检测的工具、流程以及分类
尽管已开发出许多高度复杂、先进的计算工具来检测和量化m6A,但目前仍缺乏对这些工具进行彻底评估和比较的研究。为填补这一空白,中山大学生命科学学院骆观正教授课题组展开相关研究。
本研究利用多物种多重复(小鼠胚胎细胞和拟南芥各两个重复)样本为评估数据,以多种验证集对这些工具进行了全面评估(图2),包括使用两个连续评估指标(接受者操作特征(Receiver Operating Characteristic,ROC)和精确度-召回率(Precision Recall,PR)曲线)对它们的性能进行了定量评估,比较了它们检测出的top位点的精确度,以及它们在最优阈值下检测出的位点的准确度,召回率以及F1得分。结果发现大多数工具在精确度和召回率之间存在权衡
图2 检测m6A的ONT工具能力的性能评价
除此之外,本研究还评估了这些工具在检测过程中的内在偏差,并证明引入负对照样本可以提高大多数工具的性能。此外,还发现检测能力在不同的motif之间存在差异,这是因为在某些序列上,电流差异不容易被检测到。对于可以对m6A进行定量的工具,在它们的计量估计中观察到了广泛的差异,即使在某些motif中可以获得可接受的结果。测序深度和修饰的化学计量也是另外两个重要的影响因素。
综上所述,研究为目前用于基于ONT DRS数据检测m6A的计算工具提供了深入的见解,并强调了进一步改进这些工具的潜力,这些可能会成为未来研究的基础。以上研究成果以 Systematic comparison of tools used for m6A mapping from nanopore direct RNA sequencing 为题,于2023年4月5日在Nature Communications杂志发表。中山大学生命科学学院研究生钟振东和谢应源为文章的共同第一作者,骆观正教授和张璋副教授为通讯作者。中山大学生命科学学院为第一作者单位。本工作受到科技部重点研发项目、国家及深圳湾学者项目的资助。
版权声明 本网站所有注明“来源:100医药网”或“来源:bioon”的文字、图片和音视频资料,版权均属于100医药网网站所有。非经授权,任何媒体、网站或个人不得转载,否则将追究法律责任。取得书面授权转载时,须注明“来源:100医药网”。其它来源的文章系转载文章,本网所有转载文章系出于传递更多信息之目的,转载内容不代表本站立场。不希望被转载的媒体或个人可与我们联系,我们将立即进行删除处理。 87%用户都在用100医药网APP 随时阅读、评论、分享交流 请扫描二维码下载->

- 相关报道
-
- Cancer Cell:张建军/吴佳/朱波团队发现肺癌的“癌前拦截”靶点——TIM (2025-05-11)
- Science:我国科学家发现一种人类肠道真菌可以逆转小鼠的肝脏疾病 (2025-05-11)
- 《癌细胞》:“上医治未癌”!华人科学家发现,针对TIM (2025-05-11)
- Cancer Cell:徐淼/李贵登/曹素梅团队通过T细胞测序,实现鼻咽癌早期诊断 (2025-05-10)
- 北京理工大学发表最新Cell论文,发现细菌抗噬菌体免疫新机制 (2025-05-10)
- 罗氏宣布投资超20亿人民币,在华新建生物制药生产基地 (2025-05-10)
- PNAS:每晚只睡4小时却精力充沛,新研究又发现了一个“高效睡眠”的秘密! (2025-05-10)
- Immunity:哈工大黄志伟团队揭示γδ T细胞感知磷酸抗原激活免疫反应的分子机制 (2025-05-09)
- "愈见幸运孚"伤口周 :孚诺医药以科普领航,推动伤口护理科学化 (2025-05-09)
- 《细胞》子刊:1/3中国人受神经系统疾病困扰!首医/疾控团队分析我国近30年神经系统疾病负担,老龄化是主动驱动因素 (2025-05-09)
- 视频新闻
-
- 图片新闻
-
医药网免责声明:
- 本公司对医药网上刊登之所有信息不声明或保证其内容之正确性或可靠性;您于此接受并承认信赖任何信息所生之风险应自行承担。本公司,有权但无此义务,改善或更正所刊登信息任何部分之错误或疏失。
- 凡本网注明"来源:XXX(非医药网)"的作品,均转载自其它媒体,转载目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点和对其真实性负责。本网转载其他媒体之稿件,意在为公众提供免费服务。如稿件版权单位或个人不想在本网发布,可与本网联系,本网视情况可立即将其撤除。联系QQ:896150040