Cell Genomics:广州医科大学等单位联合开发单细胞CRISPR扰动技术破解复杂遗传位点调控难题,揭示隐性调控新机制 |
![]() |
eCRE扰动与eQTL定位调控效应的示意图及比较
通过分析扰动后的基因表达与染色质状态变化,研究团队得出四大突破性结论:
1.pLD区域普遍存在"多因果"调控:在81个pLD信号中,62%(51个)包含至少一个因果CRE,其中41.1%(33个)存在2-6个因果CRE,形成"多站点顺式调控"。更令人惊讶的是,45.1%的pLD信号同时调控多个靶基因(包括远端基因),例如rs1049359标记的CRE不仅调控邻近基因,还影响800kb外的CALD1基因。
2.超三分之一功能元件"隐形",传统注释失效:通过对比扰动前后的表观遗传状态,研究团队发现,36%(29/80)的因果CRE在扰动前缺乏经典表观标记(如开放染色质、H3K27ac等),属于"未标记调控元件"(URE)。例如,rs73156934标记的URE虽无经典表观特征,却通过增强子活性远距离调控CALD1表达,且在CRISPRi扰动后显著改变染色质可及性。
3.现有计算工具难以预测内源性调控效应:评估20种主流功能预测工具(如Eigen-PC、GenoCanyon)发现,其在区分因果CRE与非因果元件时表现不佳(AUC多低于0.6)。深度学习模型Enformer虽能捕捉部分序列效应,但与实验结果的吻合度仍有限。这提示现有模型因依赖常规表观特征或单一组织数据,难以解析复杂LD区域的动态调控。
4.基因组调控具有高度可塑性:通过比较CRISPRi与CRISPRa的扰动效应,研究团队发现24%的CRE在抑制时反而上调基因表达,11个CRE在两种扰动下均显著影响表达。进一步分析显示,这种"反向调控"多发生于远端区域( 100kb),可能与三维基因组的高级结构(如染色质环)或复合调控元件(同时含激活与抑制位点)有关。
医药网新闻
- 相关报道
-
- NEJM:临床研究证实,阿司匹林可将结直肠癌复发风险降低一半! (2025-09-25)
- 感染新冠后,月经易“失调”?Nat Commun 1.2 万人研究找到答案:雄激素和炎症是关键 (2025-09-25)
- Cell:分子测试有助于为晚期前列腺癌患者量身定制化疗方案 (2025-09-24)
- Front Immunol新发现:骨髓瘤患者骨髓外泌体借HLA-G/PD-1/PD-L1扰免疫,成治疗新靶标 (2025-09-24)
- Cell:新研究揭示骨转移经常导致贫血的原因 (2025-09-24)
- Nature:免疫系统的“拆迁队”与“装修工”—— MPO如何将遗传密码重塑为杀敌利器 (2025-09-24)
- Nano Today:李文扬/常凌乾/牟玮系统总结纳米技术在特发性肺纤维化诊疗中的前沿进展与未来展望 (2025-09-24)
- Nature子刊:中山大学杨建华/李斌/屈良鹄团队介绍全长非帽RNA测序技术NAP-seq的原理及实验步骤 (2025-09-24)
- Cell子刊:同济大学成昱/吕诚/张玲团队开发新型DNA纳米通道,实现体内时空神经调控 (2025-09-24)
- 诚邀海内外英才携手共创未来!“贤聚四海 智创未来”上海首届海归小镇留学生嘉年华开幕 (2025-09-23)
- 视频新闻
-
- 图片新闻
-
医药网免责声明:
- 本公司对医药网上刊登之所有信息不声明或保证其内容之正确性或可靠性;您于此接受并承认信赖任何信息所生之风险应自行承担。本公司,有权但无此义务,改善或更正所刊登信息任何部分之错误或疏失。
- 凡本网注明"来源:XXX(非医药网)"的作品,均转载自其它媒体,转载目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点和对其真实性负责。本网转载其他媒体之稿件,意在为公众提供免费服务。如稿件版权单位或个人不想在本网发布,可与本网联系,本网视情况可立即将其撤除。联系QQ:896150040