浙年夜叶恭银传授组纳米孔测序从头组装高质量麦蛾茧峰基因组

2020年7月14日，浙江年夜学叶昕海博士、叶恭银传授、李飞传授和贝纳基因配合协作完成20ng超低肇端量麦蛾茧峰基因组组装，这是初次应用低于100 ng的DNA完成全基因组组装。处理了个别小、样品罕见、只能获取大批DNA的物种的基因组组装的难题。贝纳基因开辟的全基因组复制后基因组组装的流程，可以对ng级DNA的个别停止基因组组装。研讨结果揭橥在预印本网站 BioRxiv。

摘要

基因组组装须要年夜量的DNA（平日是ug级），以知足二代和三代文库构建的需求。然则诸如虫豸这种个别小的植物，很可贵到足够的DNA停止后续的建库和测序。本文应用20 ng的DNA停止全基因组扩增后，应用Nanopore和短读长测序技巧对单倍体雄性麦蛾茧峰（Habrobracon hebetor）停止组装。获得131.6 Mb的基因组，ContigN50为1.63 Mb，Busco评价99%。这是初次应用100 ng以内原始DNA完成的高质量基因组组装，该办法为个别小、样品罕见、只能获取大批DNA的物种的基因组组装供给了很好的典范。

研讨配景

高质量的基因组对一个物种的研讨至关主要，但是因为部门物种个别小的缘由，获得的基因组是高度片断化的（Contig N50和Scaffold N50短）。部门虫豸因为个别小很难搜集，基因组组装面对着挑衅。有报道对提取100ng和200ng总DNA的小个别物种停止基因组组装，然则关于提取总DNA低于100ng的物种的基因组组装未见报道。

本研讨应用20 ng麦蛾茧峰 (Habrobracon hebetor) DNA停止全基因组复制后应用Nanopore和短读长测序后对基因组停止组装，为超低肇端量DNA基因组组装供给了很好的案例。

研讨办法和基因组组装目标

起首对单头麦蛾茧峰DNA停止提取，应用20ng的DNA停止全基因组扩增，后对扩增后的3.5ug DNA辨别停止Nanopore和短读长测序。应用长reads对基因组停止组装，用短读长序列对基因组停止纠错，获得高质量的基因组。(100yiyao.com）

【直播预告】孔测序在人类学和罕有病研讨中的使用

【日期】2020/11/19 15:00