纳米孔长读长测序完成蜂鸟高度持续基因组组装并进步异构体辨认

蜂鸟是一个“十分风趣的研讨零碎”，它具有惊人的糖氧化和脂肪分化才能，在进食形态下，它们可以应用外源糖，为能量耗费宏大的飞翔供给燃料，但是当不再进食时，它们完整依附内源性脂肪储藏来为悬停飞翔供给燃料，这些糖可以在30分钟内代谢。比拟之下，人类须要年夜约2小时才干应用这些外源糖。

超越52%的美国人遭到包含在内的代谢疾病的影响，蜂鸟可以坚持继续的高血糖程度，而没有任何眼、肝、肾或其他与人类患者相干的成绩。研讨它禁食和进食形态之间的代谢通量可以协助人们懂得若何在不影响安康的情形下平安地坚持如斯高的血糖程度。

PromethION测序联合短读长测序从头组装高度持续精确的红喉蜂鸟基因组

应用孔高通量测序仪PromethION，生成超越25 Gb的测序数据，N50年夜于40 Kb，联合短读长测序，应用由Aleksey Zimin和约翰·霍普金斯年夜学的Salzberg试验室开辟的MaSuRCA任务流程停止基因组混杂组装， “安娜的蜂鸟（Anna’s hummingbird）”作为参考基因组，用RAGOO停止参考引诱的染色体Scaffold拼接：成果获得了1837个堆叠群构成的33条染色体的组装，Scaffold N50 超越46.2 Mb。BUSCO组装完好性分数为96.6%，标明该组装不只高度持续且高度精确，还十分完好。

应用PCR-cDNA测序试剂盒（PCR-cDNA Sequencing Kit，SQK-PCS109）对别离的添加poly-A尾的mRNA来停止文库制备，在孔高通量测序仪PromethION上对3只进食后的蜂鸟和3只禁食蜂鸟停止cDNA测序，生成的长读长序列跨越全部异构体。应用短读长转录组数据停止基因组正文，用Augustus模子停止基因猜测。辨认出到47443个转录本和43908个基因，即每个基因约1.1个转录本。而联合孔cDNA测序数据，并应用StringTie组装对象，辨认出了73270个转录本，但基因数目类似——43278。这标明每个基因有约2个转录本。将纳米孔cDNA数据包括在内后，BUSCO转录组完好性也从90.1%晋升到92.2%。

应用短读长测序数据对蜂鸟基因组停止差别基因表达剖析，提醒介入脂肪酸通量调理的症结基因（如G0S2和ANGPTL4）在禁食和进食后的肝脏之间有表达差别。脊椎植物物种间直向同源基因的序列保守性展现出，G0S2与哺乳植物中的直向同源基因比拟统一性十分低（ 50%）。

应用纳米孔cDNA测序数据，研讨了组织之间的异构体表达差别，发明应激反响基因USP 15在肌肉细胞直达录程度更高，在肝脏和肌肉组织中的绝对品貌分歧。(100yiyao.com）

【直播预告】孔测序在人类学和罕有病研讨中的使用

【日期】2020/11/19 15:00