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在转录阶段,RNA须要在准确的地位终止,毕竟是谁在担任这一进程?五十年前,迷信家们揣测到一个能够的模子:一种六聚体环状的RecA家族RNA转位酶ρ(Rho),可以先与RNA联合,介入ATP驱动的RNA聚合酶向RNA的转位,当RNA聚合酶停滞时,ρ便协助特定的RNA片断从DNA上分开【1】。这也是教科书外面给我们的说明。然则,一些研讨者认识到这种说法证据缺乏,转录终止机制仍然不明。
近日,由柏林自在年夜学的Markus C. Wahl团队和俄亥俄州立年夜学的Irina Artsimovitch团队配合在Science杂志上揭橥题为Steps toward translocation-independent RNA polymerase inactivation by terminator ATPase ρ的研讨论文。在这篇研讨论文中,作者采取冷冻电镜(cyroEM)单颗粒剖析技巧解析了ATP酶ρ在发扬感化进程中所构成的转录复合体的构造,捕捉了年夜肠杆菌DNA上RNA聚合酶转位的图像,提醒了ρ终止基因表达的真正进程,再次加深了我们对转录进程的准确看法。
由于ρ可以在几分钟甚至几秒钟的工夫内使复合物崩溃,所以这个复合体十分难以取得。研讨人员十分奇妙地应用冷冻电镜,在复合物崩溃之前,捕捉了在年夜肠杆菌中的DNA模板上运转的RNA聚合酶的图像。成果标明在ρ介导的延长复合体(elongation complex,EC)崩溃的门路中,RNA聚合酶(RNAP)、转录因子NusA和NusG发扬了症结感化(动画1)。
动画1. EC依附的、ρ介导的终止模子。(作者应用PyMOL停止动画展现,该动画显示了转录终止门路的每个阶段)
作者提醒了ρ若何感化于由RNA聚合酶和两个随同转录进程的帮助卵白构成的完好转录复合体,从ρ与RNA聚合酶的联合开端到RNA聚合酶掉去对核酸的掌握停止(动画2)。
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起首,一个开放的ρ环和NusA、NusG和RNA聚合酶的多个区域接触,捕捉并部分解开近端下游的DNA。然后,NusA楔入ρ环,初步别离RNA。当远端下游DNA偏离RNA聚合酶的锌指构造域(ZBD)时,NusA会在一个帽状ρ亚基下方扭转,随后捕捉RNA。之后NusG别离,钳夹状(clamp)构造开放,跟着这一进程的停止,RNA聚合酶也掉去了对RNA:DNA hybrid的掌握,同时,RNA聚合酶也掉去了活性(图1)。之后还会产生什么步调?作者猜想ρ环封闭能够会招致转录终止,最初hybrid也会解开。
综上所说,也就是说,ρ并非如教科书中所说的那样先联合在RNA 上然后帮RNA离开DNA,而是搭了RNA聚合酶的“顺风车”(hitchhikes),ρ伙同其他卵白经过构造幻化,使得RNA聚合酶掉活【2】,最终招致了RNA的释放、转录的终止。
虽然这个进程是在年夜肠杆菌中发明的,然则作者以为在真核生物中,ρ的功效相似于RNA/DNA解旋酶Sen1从释放RNAPII,这个进程也须要EC来介入无效的终止进程【3,4】。是以,作者以为在其他物种中,能够ρ介导RNA释放的进程也是相似的。(100yiyao.com)
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