研讨宣布首个高质量染色体程度的哀牢髭蟾参考基因组

哀牢髭蟾（Vibrissaphora ailaonica）[Amphibiaweb（2019），Frost（2019）和中国两栖类（2019）将其归为Leptobrachium ailaonicum的同物异名] 俗称“胡子蛙”、“深山角怪”，属两栖纲、无尾目、角蟾科，是中国特有种。该物种具有多个特化的表型，如繁衍季候时，性成熟的雄性哀牢髭蟾的上颚会长出角化的婚刺，繁衍季候停止时零落。此外，普通情形下，两栖类物种雌性个别明显年夜于雄性，而哀牢髭蟾的雄性个别却明显年夜于雌性（体型性别二型性的逆转）。上颚的婚刺能够是性成熟个别抢夺巢穴和交配机遇的兵器；而资本进攻、一夫多妻制和雄性亲代照顾等能够是雄性体型较年夜的缘由。但是，这些形状差别面前的遗传机制今朝仍不清晰。一个高质量的哀牢髭蟾的参考基因组将对研讨角化刺和体型性别二型性逆转面前的机制有主要价值。

中国迷信院昆明植物研讨所副研讨员饶定齐和王文课题组协作，应用三代长读长测序技巧(PacBio)，联合高通量染色体构象捕捉(Hi-C)技巧，胜利地组装了第一个高质量的染色体程度的哀牢髭蟾基因组。该基因组年夜小为3.53Gb，个中contig N50长度为821 Kb，scaffold N50长度为412.42Mb。研讨人员对卵白编码基因停止了判定和正文。零碎发育剖析标明，哀牢髭蟾与海蟾蜍、牛蛙、平地倭蛙等亲缘关系较近。而且，与该研讨的其它年夜多半近缘物种比拟，哀牢髭蟾有着更快的退化速度。基因家族的扩大和膨胀剖析肯定了几个生物学进程和通路，如免疫门路、角卵白丝和代谢进程，提醒这些生物学进程能够与哀牢髭蟾对其栖息地的特别顺应有关。

该任务不只为更普遍的比拟基因组剖析供给了有价值的染色体程度基因组数据，并且为哀牢髭蟾特别性状的功效研讨供给了主要的基因组数据。

该研讨以Chromosome-level assembly of the mustache toadgenome using third-generation DNA sequencing andHi-C analysis为题，于9月23日在GigaScience上揭橥。

昆明植物所博士生李永鑫为文章的第一作者，博士生任彦栋与助理研讨员张栋儒为文章的配合第一作者，饶定齐为文章的通信作者。该研讨获得国度重点研讨开辟项目和国度天然迷信基金项目赞助。(100yiyao.com）