研讨开辟水稻分子育种整合组学常识库

10月18日，中国迷信院与发育生物学研讨所植物国度重点试验室梁承志研讨组开辟的分子育种整合组学常识库水稻子库在线揭橥于学术期刊《核酸研讨》（Nucleic Acids Research）。文章标题为MBKbase for rice： an integrated omics knowledgebase for molecular breeding in rice。种质资本是作物遗传改进的根底。近年来高通量测序技巧的成长已为解析作物种质资料的变异和基因功效供给了年夜量的组学数据。单分子测序技巧的成长也协助构建了主要作物的多个参考基因组，为高质量泛基因组的构建供给了根底。整合这些组学数据将年夜年夜有利于对其的反复应用和深度发掘。预期跟着高通量表型采集技巧的成长，育种年夜数据体量将不时添加，数据的整合和剖析将越来越艰苦，因此树立一个通用的育种组学整合剖析平台对作物基因功效研讨人员和育种任务者都至关主要。梁承志团队多年来在高质量基因组组装和正文的根底上，努力于构建一个整合的作物组学常识库。该常识库旨在提醒种质资料的基因型以及跟表型信息在群体中的联系关系，设计了各类育种相干的组学数据的存储标准，实用于整合多物各种质信息、多参考基因组和泛基因组，尤其是海量的群体基因组重测序数据的存储和展现。今朝该常识库的水稻子库展现了两个参考基因组和基因信息（另一个参考基因组数据也将很快地下）及近7000余份全球水稻重测序数据，年夜量水稻种质资本信息数据，400多万条表型记载值，1.3万个已知基因的功效正文等。在这些重测序的水稻种质资本信息中，包含着年夜量的可用于改革水稻品德、添加抗性、进步产量的优秀等位基因。经过在线用户自界说基因分型与表型数据的联系关系展现，初次完成了在线基因型到表型的可视化及时展现。该常识库在基因型程度长进行多功效开辟，完成了基于基因型的种质挑选、个别比拟、变异剖析、基因型在线正文等庞杂功效。此外，该常识库具有数据的静态扩大功效，适于搜集和导入新的作物群体重测序数据，并可以与原无数据集停止整合剖析。水稻子库的树立也为其他作物比方年夜豆、小麦和玉米奠基了一个优越的根底。论文第一作者为梁承志研讨组博士生彭骅，梁承志为通信作者。数据库开辟获得基因组剖析平台的年夜力支撑和协助。数据库装备也获得植物国度重点试验室的支撑。该研讨获得中科院计谋性先导科技专项（A）“分子模块设计育种立异系统”等的赞助。（100yiyao.com）