研讨开辟表不雅组联系关系剖析数据库

近日，由中国迷信院北京基因组研讨所国度基因组迷信数据中间开辟的人类表不雅组联系关系剖析数据库EWAS Data Hub正式上线。该项研讨结果以EWAS Data Hub： a resource of DNA methylation array data and metadata 为题在国际学术期刊《核酸研讨》（Nucleic Acids Research）在线揭橥。近年来，表不雅组联系关系剖析（Epigenome-wide Association Study，EWAS）已成为摸索庞杂性状表不雅遗传根底的无效战略。跟着年夜量EWAS科研结果的揭橥，现已积聚了海量表不雅遗传数据，尤其是DNA甲基化芯片数据，其海量数据的整合剖析对零碎研讨分歧试验前提下的DNA甲基化形态以及摸索与各类性状相干的表不雅机制具有主要意义。今朝，国际上存在一些数据库来存储DNA甲基化芯片数据，但这些数据库缺少无效和同一的归一化办法来清除分歧数据集之间的批次效应，能够对下流剖析发生负面影响，元数据尺度不同一，而且都不供给跨分歧组织、性别、种族和疾病的尺度化的DNA甲基化图谱。为懂得决这些成绩，国度基因组迷信数据中间开辟了EWAS Data Hub数据库。今朝，EWAS Data Hub整合了来自GEO、TCGA、ArrayExpress和ENCODE数据库的合计75344个样本的DNA甲基化芯片数据和对应的元数据，并采取了无效的归一化办法来清除分歧数据集的批次效应。EWAS Data Hub应用海量高质量DNA甲基化数据和尺度化元数据的优势，为485512个探针和36397个基因供给了一系列主要的评价值（包含组织特异性、年纪相干性、性别差别和种族特异性）和分歧配景下的参考DNA甲基化图谱，触及81种组织/细胞类型（包括25个脑部和25种血细胞类型），67种疾病（包含39种癌症），分歧年纪、性别、种族和BMI。同时，EWAS Data Hub 还供给了高效的查询方法。(100yiyao.com）