Nat Commun：追踪血液脚印，新办法无望应用血液cfDNA精确诊断癌症

2019年11月7日讯/BIOON/---虽然组织活检依然是确诊癌症的金尺度，然则来自血浆的侵入性较低的液体活检正成为越来越靠得住的癌症筛查和分期对象。液体活检功能的根底是随同正常细胞更新的DNA零落。在癌症患者中，无细胞DNA（cell-free DNA, cfDNA）的数目会跟着肿瘤负荷的添加而添加，这是由于来源于癌症的DNA代表了最活泼地逝世失落和决裂的细胞群体。当从血浆中取样时，对轮回肿瘤DNA（circulating tumor DNA, ctDNA）的检测很年夜水平上基于cfDNA的下一代测序和判定源自细胞的体细胞渐变。

图片来自Nature Communications, 2019, doi:10.1038/s41467-019-12714-4。 年夜多半ctDNA检测平台应用杂交捕捉富集来疾速、优先地对癌基因或克制基因的编码区停止测序，这可以指点准确医治，尤其是在没有组织活检的情形下。在一项新的研讨中，Ulz等人对来自安康意愿者和癌症患者的血浆cfDNA停止低笼罩全基因组测序，以肯定随同转录因子(TF)联合或脚印的测序形式。TF在染色质上的占领会阻拦核酸酶在该位点切割DNA。虽然绝年夜多半cfDNA分子都是高度碎片化的，然则这些作者发明这种碎片化不是随机的。起首，这些作者设计了一种办法来肯定504个TF的联合可及性（binding accessibilities），并应用序列读取深度形式为每个TF分派了正常或异常联合位点可及性的分数。然后，经过应用来自前列腺癌患者的一系列血浆样品，这些作者发明对应转录因子AR、HOXB13和FOXA1的联合位点可及性添加了，个中已知这些转录因子在前列腺癌发生中起感化。他们还发明来自和结肠癌患者的样品显示出相似的成果。

这些作者发明在四名前列腺癌患者中，跟着对医治发生抵御力，TF联合形式产生了变更。特殊地，从激素依附性前列腺腺癌向激素非依附性神经内排泄前列腺癌的改变随同着AR和HOXB13的cfDNA可及性降低，这两种转录因子在医治抵御性前列腺癌中都下调了。最初，Ulz等借助于cfDNA中的TF联合位点可及性，开辟了一种分类器来猜测592名患者的I或II期结肠癌。鉴于这些办法还很新，是以将来的验证研讨将肯定基于cfDNA的晚期癌症检测的医治决议计划能否会改良患者的历久生活。（100医药网 100yiyao.com）

参考材料：

1.Peter Ulz et al. . Nature Communications, 2019, doi:10.1038/s41467-019-12714-4.

2.Adam G. Sowalsky. . Science Translational Medicine, 2019, doi:10.1126/scitranslmed.aaz3724.