研讨完成海湾扇贝两个亚种的基因组测序和组装

日前，青岛农业年夜学在扇贝育种研讨方面再次获得主要停顿，陆地迷信与工程学院王春德传授课题组与协作单元胜利完成海湾扇贝北部亚种和南部亚种基因组的测序和剖析，相干研讨结果在线揭橥在Nature旗下开源期刊Scientific Data上。此前，王春德课题组已完成紫扇贝基因组的测序和组装，紫扇贝和海湾扇贝两个亚种基因组的胜利测序，为从分子程度解析海湾扇贝属扇贝及其杂交子女的发展、抗逆性、育性和寿命等主要性状的决议机制及分子育种，打下了根底。论文通信作者为青岛农业年夜学王春德传授，第一作者为浙江陆地年夜学刘晓传授。

海湾扇贝属（Argopecten）是原产于美洲的牝牡同体型扇贝，年夜部门品种散布在北年夜西洋沿岸，个中海湾扇贝北部亚种（A. irradians irradians）和海湾扇贝南部亚种（A. irradians concentricus，又称墨西哥湾扇贝）已由张福绥院士辨别于1982年和1991年由美国引进我国，成为我国南方和北方海域次要扇贝养殖种类。紫扇贝是独一散布于南宁靖洋沿岸的海湾扇贝属品种，2007年由王春德传授课题组初次从秘鲁引进我国。近年来，课题组经过将紫扇贝与海湾扇贝两个亚种辨别停止杂交，胜利培养出一系列发展优势极端明显的杂交扇贝新种类（品系），个中扇贝“渤海红”、“青农2号”和“青农金贝”已取得国度水产新种类证书，成为我国南方的次要扇贝养殖种类，并在福建、广西和广东等北方海域养殖胜利。

课题组应用二代和三代测序相联合的办法测序并组装了海湾扇贝两个亚种的基因组，个中北部亚种取得253.17 Gb的原始数据，组装出835.7Mb的基因组，占海湾扇贝北部亚种估量基因组年夜小996.07的83.9%，其contig N50和scaffold N50辨别为78.54 kb 和1.53 Mb，猜测的卵白编码基因数目为26777个。取得南部亚种测序数据 272.97Gb，组装出的基因组年夜小为874.82 Mb，占南部亚种估量基因组年夜小974.30的89.79%，其contig N50和scaffold N50辨别为63.73 kb和1.25 Mb，猜测的卵白编码基因数为 25，979个。零碎退化剖析显示，海湾扇贝两个亚种先聚为一支，然后与虾夷扇贝聚为一支，再与其他双壳类聚为一支，然后再与腹足纲物种聚类。两个海湾扇贝亚种的不合工夫为26.4百万年，与虾夷扇贝的不合工夫为85.9百万年前。(100yiyao.com）