细胞:全基因组测序拓展和更新了“千基因组计划”的资源

来源：100医疗网原创2022-09-07 15336056

在一项新的研究中，来自纽约基因组中心、麻省总医院、耶鲁大学和人类基因组结构变异联盟的研究人员扩展了1kGP资源。

7年前，1000基因组计划(1kg p)发布了一个开放资源，主要基于代表五大洲26个人群的2504人的低覆盖全基因组测序(WGS)数据，从而第一次大规模提供了人类基因变异的目录。

如今，在一项新的研究中，来自纽约基因组中心、麻省总医院、耶鲁大学、人类基因组结构变异联盟(HGSVC)等研究机构的研究人员扩展了1kGP资源，几乎包括了除原始样本外的所有亲子三核苷酸，并用Illumina NovaSeq仪器进行了高覆盖率的测序。他们全面分析了扩展的1kGP队列的WGS数据，该队列现在由3202个样本组成，包括602个亲子三重奏。相关研究成果于2022年9月1日发表在《细胞杂志》(Cell journal)上，题目是包括602个三核苷酸的扩展1000个基因组项目队列的高覆盖率全基因组测序。

该论文的合著者、纽约基因组中心计算生物学科学主任迈克尔佐迪(Michael Zody)博士解释说，1kGP队列是一种非常有价值的资源。我们认为，通过使用最新的短阅读技术将测序更新到最新版本，并增加以前遗漏的家族样本的丰富性，这对科学界非常有用。

来自纽约基因组中心的研究人员使用最先进的方法和算法，从这个扩展的队列中对淋巴母细胞样细胞系(LCL)的DNA进行测序，目标深度是基因组覆盖范围的30倍。接下来，他们确定了单核苷酸变异(SNV)和短插入/缺失(Indel)，包括从序列数据中确定相对于人类参考基因组的突变位点，并对该队列中所有样本中发现的突变位点进行基因分型。

此外，哈佛医学院、布罗德研究所和麻省总医院的Michael Talkowski博士团队与耶鲁大学和华盛顿大学医学院的Ira Hall博士团队以及人类基因组结构变异联盟合作。通过综合各种分析方法，在3202个1kGP样本中发现了一组综合结构变异体，并进行了基因分型。

总的来说，这项新的研究表明，变异呼叫的检测能力和准确性得到了显著提高，特别是在不同频率的罕见SNV、INDEL和结构变异方面，这是以前的低覆盖测序无法接触到的。

原始1kGP资源的一个重要方面是，它被用作变异填补的参考序列集，即，根据参考序列集在人群中通常遗传的变异组，对稀疏、基于阵列的样本中未观察到的基因型进行统计推断，这促进了许多全基因组关联研究(GWAS)。如今，随着这一原始资源的扩展，这些作者已经升级了用作变异填充的参考序列集，以包括更多通过高覆盖率全基因组测序和亲子三重奏家族发现的变异。

图片来自cell，2022，doi :10.1016/j . cell . 2022 . 08 . 004。

论文的共同第一作者、纽约基因组中心的高级生物信息学科学家Marta Byrska-Bishop博士解释说，这套新的突变填充参考序列包括更多位点，尤其是许多更常见的INDEL和结构变异，从而扩大了GWAS可用的变异数量。鉴于非SNV变异的巨大影响，这可能会发现新的遗传关联，并有助于确定致病性变异。

测序后，所有的原始序列数据和变异体识别集立即通过几个基因组数据库向公众发布，包括国际基因组样本资源(IGSR)。

论文的共同第一作者、麻省总医院基因组医学中心博士后赵雪芳博士补充说，我们的目标是使这一公共资源成为未来人群遗传学研究和方法开发的基准。

这些数据引起了遗传学和基因组学的兴趣。由于1kGP样品的完全开放存取特性，这种情况在未来几年可能会持续。与大多数新兴的WGS工作不同，1kGP样本被同意公开发布遗传数据，没有访问或使用限制。(100yiyao.com 100医疗网)

参考资料：

1.Marta Byrska-Bishop等人对扩展的1000个基因组项目队列(包括602个三元组)进行高覆盖率全基因组测序。细胞，2022，doi :10.1016/j . cell . 2022 . 08 . 004

2.研究人员使用全基因组测序扩展和升级了1000个基因组项目资源

https://medical xpress.com/news/2022-09-genomes-resource-whole-genome-sequencing . html

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